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C18 色譜柱通常是反相色譜柱。這是因為 C18 固定相的非極性非常強，可以與極性較強的流動相形成很好的液-液分配體系，從而實現對極性化合物的高效分離。

在正相色譜中，固定相的極性比流動相的極性更強，因此樣品中的極性化合物更容易被固定相吸附，而非極性化合物更容易被流動相帶走。與正相色譜不同，反相色譜的分離原理是基于化合物在固定相和流動相之間的疏水相互作用，因此 C18 色譜柱是反相色譜中最常用的固定相之一。

請注意，在特殊情況下，C18 色譜柱也可以用于正相色譜，但這不是它的主要用途。